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La subrogation des IJSS de A à Z

Maintenir le salaire et percevoir les IJ à la place du salarié : c’est simple sur le papier, et c’est là que se perdent des milliers d’euros. Conditions, déclaration, paie, comptabilité, rapprochement et réclamations, étape par étape.

Lecture : 5 min Mis à jour le 10 sources citées

Le principe#

En subrogation, l’employeur maintient le salaire pendant l’arrêt et perçoit à la place du salarié les indemnités journalières versées par la CPAM ou la MSA (art. R323-11 CSS). Le salarié reçoit un salaire normal ; l’employeur avance les IJ et devient créancier de la caisse.

Tout l’enjeu est là : chaque IJ avancée est une créance. Si la caisse ne la verse pas, la verse au salarié ou en verse moins, la différence reste à la charge de l’entreprise, et la créance finit par se prescrire.

Quand subroger ?#

  • La subrogation est facultative, sauf si une convention collective ou un accord l’impose.
  • Elle n’est possible que si le salaire maintenu est au moins égal aux IJ dues pour la même période.
  • Elle ne couvre que la période de maintien de salaire. Au-delà, la caisse paie directement le salarié.

Le maintien légal (art. L1226-1 du Code du travail) s’applique après un an d’ancienneté, à partir du 8e jour en maladie ; les conventions collectives sont souvent plus favorables (durée, carence supprimée, ancienneté réduite). C’est la convention qui fixe, en pratique, la durée de la subrogation.

Déclarer la subrogation en DSN#

La subrogation se déclare dans le signalement d’arrêt de travail et dans la DSN mensuelle, avec une date de début et une date de fin.

  • Signalez l’arrêt dans les 5 jours, au fil de l’eau : le paiement part plus vite.
  • Les prolongations passent par la DSN mensuelle, sans nouveau signalement.
  • Une reprise anticipée se signale dans les 5 jours, sinon la caisse paie à tort.
  • Traitez chaque compte rendu métier (CRM) et chaque bilan en échec : un rejet silencieux bloque tout le dossier.

En paie : maintien et précompte#

Le bulletin du salarié subrogé fait apparaître l’absence, le maintien de salaire et la déduction des IJ que l’employeur va percevoir : c’est le précompte. Le salaire net du salarié ne bouge pas ; c’est l’employeur qui porte le risque si la caisse verse moins que le montant précompté.

Le précompte doit donc être juste. Il dépend du barème de la date de début d’arrêt, de la carence et de ses exceptions, du plafond (1,4 SMIC en maladie) et, en AT/MP, du passage de 60 % à 80 % au 29e jour. Le calculateur d’IJ montre ce calcul ligne par ligne.

Comptabiliser la créance#

Côté comptable, l’IJ avancée est un produit à recevoir sur un organisme social. Le schéma couramment présenté par les éditeurs de paie (PayFit, Simplicia) :

Écritures de la subrogation
ÉtapeDébitCrédit
Constatation de la créance à la paie4387 Organismes sociaux, produits à recevoir641 Rémunérations du personnel
Encaissement du virement de la caisse512 Banque4387

Le numéro exact du compte de produits à recevoir varie selon les plans de comptes et les cabinets (4386, 4387…). Ce qui compte : que le solde de ce compte reflète, à tout moment, l’encours réel des IJ attendues, dossier par dossier.

Rapprocher BPIJ, paie et banque#

Trois sources doivent concorder : les IJ attendues (calculées et précomptées en paie), les IJ payées (le BPIJ, téléchargeable sur Net-entreprises ou par API) et l’encaissement (le virement sur le relevé bancaire).

  1. Pour chaque arrêt et chaque jour, comparez l’IJ attendue à la ligne du BPIJ.
  2. Rattachez chaque BPIJ au virement de la caisse : les virements sont groupés et nets des compensations d’indus.
  3. Lettrez le compte de produits à recevoir ; isolez ce qui reste à rapprocher dans un compte d’attente.
Lettrage et banque dans L’Exter IJ : virements CPAM, BPIJ associés, montants lettrés et paiements restant à vérifier. Lettrage et banque dans L’Exter IJ : virements CPAM, BPIJ associés, montants lettrés et paiements restant à vérifier.
Capture de démonstration

Dans L’Exter IJ : chaque virement CPAM rapproché de ses BPIJ, puis de chaque arrêt, puis du bon compte.

Dans L’Exter IJ : chaque virement CPAM rapproché de ses BPIJ, puis de chaque arrêt, puis du bon compte.

Traiter les écarts#

Un écart a toujours une cause. Les plus fréquentes, et l’action qui va avec :

Causes d’écart et actions
ConstatCause probableAction
Aucun paiementArrêt non reçu, signalement en erreur, droits non ouvertsVérifier le CRM, réclamer à la caisse
Paiement partielBarème, carence ou plafond différentsComparer le calcul, réclamer le solde
IJ versées au salariéDate de fin de subrogation trop courteRelancer le salarié, corriger la DSN
Virement inférieur au BPIJCompensation d’un induIdentifier l’indu et le dossier d’origine

Les modèles de réclamation CPAM et de relance salarié sont disponibles gratuitement. Gardez la trace de chaque envoi : elle sert en cas de contestation.

Cas particuliers#

  • Salarié parti : la subrogation prend fin avec le contrat ; les IJ suivantes sont versées au salarié.
  • Requalification en AT/MP : carence, taux et plafond changent ; les IJ déjà versées doivent être régularisées.
  • Prévoyance : quand l’employeur perçoit aussi le complément de l’assureur, c’est une seconde créance, à suivre de la même façon.
  • Prescription : la créance se prescrit par deux ans à compter du premier jour du trimestre suivant les IJ concernées (art. L332-1 CSS). Voir le guide de la prescription.

La checklist du mois#

  1. Tous les arrêts du mois sont signalés, avec la bonne date de fin de subrogation.
  2. Les CRM et bilans DSN en échec sont traités.
  3. Les BPIJ du mois sont importés et rapprochés des IJ attendues.
  4. Les virements de la caisse sont lettrés ; le compte d’attente est justifié.
  5. Chaque écart a une cause et une action datée.
  6. Les dossiers à moins de 90 jours de la prescription sont traités en priorité.

C’est exactement le travail que L’Exter IJ automatise : calcul, rapprochement, explication des écarts, préparation des réclamations et suivi jusqu’au lettrage, avec votre validation à chaque étape importante.

Passer à la pratique

Des outils gratuits, sans inscription : le calcul reste dans votre navigateur.

  • Calculateur d’IJ

    Une indemnité journalière calculée ligne par ligne, barème 2026.
  • Diagnostic DSN

    Votre fichier DSN analysé dans votre navigateur : arrêts, subrogation, alertes.
  • Calculateur de prescription

    La date limite pour réclamer une IJ, et le temps qu’il reste.
  • Simulateur de pertes

    Les IJSS non récupérées sur 27 mois, formule et hypothèses affichées.

Sources

Vérifiées le 14 octobre 2026

  1. Code de la sécurité sociale, art. R323-11 (subrogation de l’employeur) (site externe)
  2. Code du travail, art. L1226-1 et D1226-1 à D1226-3 (maintien de salaire légal) (site externe)
  3. Ameli, « Arrêt maladie : indemnités journalières » (site externe) · consultée le 14 octobre 2026
  4. MSA, « Signaler un arrêt de travail en DSN : les 9 règles d’or » (site externe)
  5. Net-entreprises, glossaire « BPIJ : bordereau de paiement des indemnités journalières » (site externe)
  6. GIP-MDS, communiqué « BPIJ en API » (janvier 2022) (site externe)
  7. PayFit, « Comptabilisation des IJSS en subrogation » (site externe)
  8. Simplicia, « Comment faire l’enregistrement comptable de la subrogation IJSS » (site externe)
  9. Simplicia, « Comment et pourquoi faire le rapprochement bancaire des IJSS » (site externe)
  10. Code de la sécurité sociale, art. L332-1 (prescription biennale des prestations) (site externe) · libellé relevé sur des sources secondaires, à revérifier sur Légifrance

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